De los muchos nuevos movimientos religiosos que surgieron durante el siglo XX, la Cienciología ha sido uno de los más controvertidos desde prácticamente su fundación. La Iglesia de la Cienciología ha entrado en conflicto con los gobiernos de varios países (incluyendo los Estados Unidos, el Reino Unido y Alemania) en numerosas ocasiones a lo largo de los años. Otro punto de controversia es la infiltración de la Cienciología en la Hacienda Pública de los Estados Unidos en la llamada «Operación Blancanieves». Once cienciólogos de elevado rango, incluida Mary Sue Hubbard (esposa de L. Ron Hubbard), fueron condenados a prisión por su participación en esta infiltración.

La actual controversia entre la Iglesia de la Cienciología y sus críticos incluye los siguientes aspectos:

Actividades criminales de la Iglesia de la Cienciología y sus miembros
Denuncias de «lavado de cerebro» y control mental
Política de desconexión de la Cienciología
Acusaciones de que L. Ron Hubbard creó una religión para lucrarse
Muertes de cienciólogos
Acciones de la Cienciología contra sus críticos y enemigos
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La scientology.jpgCienciología contra Internet
Artículo principal: Cienciología contra Internet
Los líderes de la Cienciología han emprendido amplias operaciones en Internet para ocuparse de las crecientes acusaciones de fraude y revelaciones de falta de escrúpulos dentro de la Cienciología. La organización sostiene que está tomando medidas para evitar la distribución de documentos y publicaciones en línea cienciológicas protegidas por derechos de autor. Sin embargo, sus críticos (y muchos usuarios de Internet) denuncian que la organización está intentando abolir la libertad de expresión. En enero de 1995 la Iglesia intentó silenciar las discusiones que se mantenían en el grupo de noticias alt.religion.scientology publicando un mensaje de control destinado a eliminar el grupo de todos los servidores de Usenet, y empezó a demandar a individuos por enviar copias de sus escrituras a éste, acciones que provocaron que miles de usuarios de Internet de todo el mundo echasen un atento vistazo a la Cienciología. Durante varios años desde mediados de 1996, el grupo de noticias fue blanco de otro intento de supresión, esta vez en la forma de cientos de mensajes basura enviados al grupo. Aunque la Iglesia no confirmó ni negó que estuviese tras todo ese «spam», algunos investigadores denunciaron que parte de él había sido rastreado hasta miembros de ella. La respuesta de la Cienciología a las críticas fue emitir un comunicado insistiendo en que sus acciones eran en realidad un ataque contra las expresiones de odio, que hacía numerosas afirmaciones de odio y violencia dirigidos contra la Cienciología.